Svoj autobiografický projekt Vlk z Královských Vinohrad už nestihol dokončiť. Nemec bol provokatérom, ale aj veľkým experimentátorom a originálom. „Honzo, ako to robíš, veď ty vždy ideš do priameho styku s mocou politickou alebo finančnou. Prvý týždeň niekoho vytočíš a potom sa čuduješ, že si to odskáčeš,“ pýtal sa ho vraj Miloš Forman.
„Jeho historky boli nekorektné v zmysle historickom aj etickom, ale vypovedali o sile paradoxov, v ktorých prežil svoj život. Mnohé z toho je uchované v jeho poviedkach. Sila jeho talentu spočíva v totálnej pravdivosti, ktorá sa niekedy nezaobíde bez irónie a sarkazmu,“ povedal o Němcovi agentúre ČTK Michal Bregant, riaditeľ českého Národného filmového archívu.
Pocitové filmy
Němec debutoval snímkou Démanty noci (1964) podľa literárnej predlohy Arnošta Lustiga. V príbehu úteku dvojice mladíkov z transportu smrti sa miesi realita s víziami a paralelným vývojom situácií. Snímku ocenili veľkou cenou na festivale v Manheime. Pavel Taussig hovorí o Němcových dielach ako o pocitových filmoch, pre ktoré našiel inšpiráciu aj v tvorbe Václava Kršku. Nasledovala poviedka Podvodníci pre poviedkovú snímku s Perličky na dně (1965).
Jeho alegória na totalitné režimy O slavnosti a hostech (1966) vyvolala rozruch aj v parlamente a postihlo ju najskôr obmedzenie distribúcie a neskôr skončila v trezore rovnako ako Démanty noci. Film O slavnosti a hostech sa uchádzal o Zlatú palmu v Cannes, festival však v ten rok zrušili.
Poetická poviedková snímka o nešťastnej láske Mučedníci lásky (1966) bola filmovým debutom pre Martu Kubišovú, s ktorou bol v rokoch 1970 – 1973 ženatý. Predtým bola jeho manželkou kostýmová výtvarníčka a scenáristka Ester Krumbachová. Mučedníci lásky získali zvláštne uznanie na festivale v Locarne.
Pre rakúsku televíziu nakrútil Němec portrét Karla Gotta (1968) a do zahraničia prepašoval filmové zábery z príchodu sovietskych vojsk, ktorý zachytil vo svojom Oratóriu pre Prahu (1968) a zábery z neho používalo televízne spravodajstvo na celom svete a takisto Philip Kaufman vo svojej snímke Neznesiteľná ľahkosť bytia (1988). Němec sa na nej podieľal ako poradca.
Ako zabiť Godarda
„Nemec sa niečím veľmi podobá Godardovi, Oboch filmárov spája radikálny prístup k filmovej reči, skúmanie možností filmového média, úspech v 60. rokoch i neskoršie dielo, ktoré je nekompromisné, ale teší sa skôr okrajovému diváckemu záujmu,“ napísal portál A2larm.cz, ktorý pripomína aj historku, ako vraj chcel Jean-Luc Godard nakrúcať prorežimný film o invázii Sovietov, a tak vraj spolu s Pavlom Juráčkom Godarda prenasledovali a mali v pláne ho zabiť. Hoci o Němcovi kolujú divoké historky, bol aj mystifikátorom.
V roku 1974 Němec emigroval a žil vo viacerých krajinách. V tomto období sa živil napríklad aj ako svadobný fotograf. Po revolúcii sa vrátil do Československa a k filmu sa vrátil netradičnou adaptáciou románu Utrpení knížete Sternenhocha od Ladislava Klímu V žáru královské lásky v hlavnej úlohe s Vilémom Čokom. Vlastnú operáciu srdca zachytil v roku 2010 v snímke Heart Beat 3D, ktorá je prvým českým 3D filmom. Jeho dokument Noční hovory s matkou bol zrejme prvou snímkou v Česku, ktorá mala v roku 2000 premiéru na internete.
Němec podľa českých médií zomrel dva dni pred dokončením nakrúcania filmu Vlk z Královských Vinohrad. Chcel v ňom miešať dokument s mystifikáciou. Snímka, v ktorej mladého režiséra stvárnil Jiří Mádl, vznikala na motívy Němcových poviedok. „Ide vlastne o príbehy tak trochu prefíkaného režiséra, ktorý za tie roky zažil miesta a situácie, do ktorých sa normálne dostať nemôžete,“ povedal Němec pre český Reflex.