Paštéka vyštudoval Vysokú školu múzických umení v Bratislave a v rokoch 1972 až 1980 bol dramaturgom ČST v Bratislave. V období od roku 1980 do roku 1990 pôsobil ako dramaturg Slovenskej filmovej tvorby. Od roku 1991 je pedagógom Filmovej a televíznej fakulty VŠMU v Bratislave, kde vyučuje na katedre scenáristiky.
Na scenári Jakubiskovho filmu Tisícročná včela, ktorý vznikol podľa rovnomennej predlohy Petra Jaroša sa podieľal ako dialogista a dramaturg. Spolu s Jakubiskom napísali aj scenár k filmu Sedím na konári a je mi dobre o dvoch priateľoch, ktorých spojí pekáreň na chleba aj láska k jednej žene. Sily spojili aj pri filme Lepšie byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý a spoločný zmysel pre humor zúročili pri fantazijnej komédii Pehavý Max a strašidlá.
Paštéka dohliadol aj na dramaturgiu Párnického filmu Južná pošta s Jiřím Bartoškom a Magdou Vášáryovou v hlavných úlohách a dramaturgicky zastrešil film Kosenie jastrabej lúky Štefana Uhra.

Podieľal sa aj na množstve televíznych filmov ako Dynamit (1973) a Plukovník Chabert, oba v réžii Dušana Mitanu, Ako sa Vinco zaťal (1977) podľa scenára Ondreja Šulaja a v réžii Juraja Lihosita či Americká tragédia I – III režiséra Stanislava Párnického.
Juraj Herz nakrútil podľa scenára Jozefa Paštéku a Milana Ležáka Sladké starosti o mladíkovy, ktorý sa chce vyhnúť ženbe, aj napriek tomu, že má tridsať a stále býva so svojou matkou. Druhé pokračovanie kinohitu Fontána pre Zuzanu Dušana Rapoša vzišlo tiež z pera Jozefa Paštéku.

V roku 2001 mal premiéru film Dážď padá na naše duše, ktorý nakrútil podľa Paštékovho námetu a scenára Vlado Balco. V príbehu – o dvoch vykorenených postavách, malej Kike a mladom zlodejovi áut Jozefovi, ktoré sa zblížia – debutovala herečka Kristína Svarinská.
Jozef Paštéka debutoval ako režisér v roku 2010 a to pri svojom autorskom filme „s humorom, trochou erotiky a jednou mŕtvolou“ Mŕtvola musí zomrieť. V hlavnej úlohe absurdnej komédie sa predstavil nezameniteľný Miroslav Noga.

Naposledy mala v kinách premiéru historická dráma o hrdinskom úteku dvoch Slovákov z koncentračného tábora Správa v réžii Petra Bebjaka. Paštéka napísal scenár podľa autobiografie jedného z väzňov, Alfréda Wetzlera spolu s Tomášom Bombíkom a film bol národným nominantom na Oscara.
Jozef Paštéka je manželom filmovej historičky a teoretičky Jeleny Paštékovej, spoluautorky Dejín slovenskej kinematografie a majú spolu dve dcéry.