Okrem aktívnej hudobnej kariéry sa Marsalis Jr. zameral aj na výučbu hudby. Svojím didaktickým prístupom v kombinácii so záujmom o filozofiu povzbudzoval svojich študentov, aby objavovali hudbu samostatne, prostredníctvom experimentu a veľmi pozorným počúvaním.
Ako popredný pedagóg v New Orleans Centre for Art Arts, University of New Orleans a Xavier University of Louisiana Ellis Marsalis ovplyvnil kariéru nespočetných hudobníkov, vrátane Terencea Blancharda, Harryho Connicka ml., či Nicholasa Paytona.
Džezovými hudobníkmi sú aj štyria z jeho šiestich synov: Branford, Wynton, Delfeayo a Jason. V máji 2007 získal Marsalis Jr. čestný doktorát z Tulane University za svoj príspevok k vzdelávaniu v oblasti džezu a hudby.
V decembri 2008 bol uvedený do hudobnej siene slávy štátu Louisiana. V roku 2011 získal spolu so svojimi synmi ocenenie NEA Jazz Masters. Vydal niekoľko vlastných albumov, na ktorých často hrali i jeho synovia. Spolupracoval i s ďalšími hudobníkmi, ako sú Marcus Roberts, Courtney Pine, Eddie Harris či David „Fathead“ Newman.
