Už ako šesťročný začal navštevovať ľudovú školu umenia a chodil aj na súkromné hodiny kompozície k Jánovi Cikkerovi. „Patril som k chalanom, ktorí neomylne vyhľadávajú kamarátov medzi tými ,zlými'. Bral som to tak trochu aj pragmaticky. Veril som, že keby bolo zle, tak ma ochránia. Pretože ak je človek zadobre s chuligánmi, tak sa skrátka cíti bezpečnejšie,“ zaspomínal si na detstvo v knihe rozhovorov s Petrom Uličným, ktorá vyšla pod názvom O cestách, ktoré nevedú do Ríma vo vydavateľstve Slovart.
Varga strávil tri roky na bratislavskom konzervatóriu, kde podľa svojej stránky študoval klavír u Romana Bergera a kompozíciu u Andreja Očenáša. Z konzervatória odišiel, aby sa následne pridal k skupine Prúdy, kde sa stretol s Pavlom Hammelom. V roku 1969 nahral Varga s Prúdmi legendárny album Zvonky zvoňte, ktorý patrí k míľnikom slovenskej populárnej hudby a Varga je autorom väčšiny hudby na platni.
Varga čoskoro kapelu opúšťa, k spolupráci s Hammelom sa však často vracia na viacerých albumoch. Spoločne sú podpísaní napríklad pod hudbou k prvému slovenskému rockovému muzikálu Cyrano z predmestia na motívy divadelnej klasiky Cyrano z Bergeracu (1977).
V rovnakom roku ako vznikli Zvonky zvoňte, teda 1969, založil Varga spoločne s Fedorom Frešom a Dušanom Hájekom Collegium Musicum. „V sedemdesiatych rokoch sa nemohli používať anglické názvy, tak som vymyslel Collegium Musicum, latinský názov nikoho neprovokoval,“ citovala Vargu kniha Ľuboša Juríka a Doda Šuhajdu Slovenský bigbít.
Ich prvou nahrávkou bola Hommage ? J. S. Bach. Časť z nej neskôr tvorila znelku relácie Nad listami divákov a niektorí poslucháči ju dodnes takto prezývajú. Nasledoval rovnomenný debutový album Collegia, druhá platňa Konvergencie a postupne ďalšie albumy. Collegium, prvá artrocková kapela v bývalom Československu, zaniklo v roku 1979, neskôr však svoju činnosť jeho členovia pri rôznych príležitostiach obnovili.
V 70. rokoch Varga zvádzal aj boj s alkoholom. „Pil som, to je pravda. Drogy – vyskúšali sme všelijaké hlúposti v živote, ale že by to malo nejaký podstatný vplyv na hudbu, to nemôžem povedať. Bola to skôr móda,“ povedal Varga v televíznom programe Bigbít.
Klávesový mág alebo hammond legenda, ako ho často prezývajú, patril takisto medzi prvých hudobníkov v bývalom Československu, ktorí sa začali venovať konceptu absolútnej improvizácie v hudbe.
„Marián Varga za organom bol Paganini našej generácie, jediný tuzemský rockový idol. Tajuplný, divoký, opradený fámami. Vzrušujúci. Bol to človek, ktorý akoby prišiel do nášho malého štátu za železnou oponou z krajiny, kde sa rock môže hrať slobodne,“ napísal vo svojej knihe Collegium Musicum Marián Jaslovský.
Varga však oslovuje poslucháčov aj dnes. Napríklad na festivale Pohoda, ktorého je častým návštevníkom a kde jeho čarovné kompozície vždy počúvajú húfy mladých ľudí.
